Mon CV en Ligne

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Absynte

Absynte (Archaeal and Bacterial Synteny Explorer) est un service en ligne conçu pour afficher la synténies locales dans les chromosomes procaryotes complètement séquencés. Les contextes génomiques sont déterminées avec un outil entièrement connecté de regroupement de topologie maillée sur la base d'une séquence de protéine fournie par l'utilisateur et tout (ou un ensemble de) chromosomes des génomes bactériens et archées accessibles au public. Les résultats consistent en une page Web dynamique où un codage couleur homogène permet une évaluation visuelle rapide du positionnement relatif des gènes homologues au sein de la synténie. Chaque gène composant la synténie peut encore être interrogé à l'aide des bases de données locales ou distantes interactives. Les résultats d'Absynte peuvent être exportés au format CSV ou formats PDF haute résolution à des fins d'impression, d'archivage, ou encore l'édition ou la publication. Performances, calcul en temps réel, convivialité et mises à jour quotidiennes des bases de données constituent les principaux avantages d'Absynte sur les services Web similaires. Ce logiciel a été développé en C#.

• Absynte à été le sujet d'un article publié dans le journal BMC Bioinformatics le 15 Octobre 2011 (voici un lien vers l'article, mais il n'est pas gratuit).
  

MRI Viewer

IRM Viewer est un petit utilitaire Java pour la visualisation des images du cerveau obtenues par Imagerie à Résonance Magnétique (IRM). En raison de la diversité de ces images, nous avons restreind à deux sous-familles: les images anatomiques, des images à haute résolution en trois dimensions qui peuvent parfaitement étudier les propriétés physiologiques du cerveau et des images de contraste fonctionnelles, des images tridimensionnelles d'une résolution inférieure à celle des images anatomique, qui mettent en évidence des régions du cerveau où l'activité neuronale est élevé relativement à une tâche cognitive donnée (effectuer un calcul simple, lire une phrase à haute voix, reconnaître un visage...). Il est possible de naviguer à travers les coupes avec un curseur et de superposer ces deux types d'images. L'interface de MRI Viewer a été faite avec SWING. Les couleurs sont ajoutées arbitrairement en fonction de l'intensité des voxels (pixel en trois dimensions), il n'y a pas de standardisation ici. Enfin, pour faire face aux différentes tailles d'images l'utilisation des BufferedImage à été privilégiée.

• Je vais essayer de le rendre utilisable comme une applet dès que j'en aurais l'occasion.

Naligator

Naligator est un navigateur web simple. Il affiche les pages en HTML. Il est équipé d'un système d'onglet, de favoris et d'historique. Il possède aussi une documentation intégrée. Le navigateur lui-même est accompagné par toute la documentation logicielle de pré-production (diagrames de classe, de context, schémas de transactions, dictionnaire de données, scenarios, interaction d'objets, pseudo-code ...). Ce projet à été rélisé en JAVA.

• Je vais essayer de le rendre utilisable comme une applet dès que j'en aurais l'occasion.

Projet en cours

Je suis en train de commencer le développement d'une application mobile cross-platform (compatible sur les trois système d'exploitation mobiles pricipaux qui sont Android, iOS et Windows Phone) avec un backend en C# et une interface frontend en React.js qui sera adaptée en fonction des OS grâce à Xamarin.

Annotathon

Annotation fonctionnelle de régions codantes. Pour quelques fragments provenant d'échantillons des mers du Sud, j'ai dû produire un rapport complet specifiant si c'était un morceaux codant, la fonction putative de la protèine produite, ainsi que la classification la plus probable de l'organisme hôte.